環境および成長の制約によって、球の形成および品質に悪影響を及ぼさないようにする事が特に重要となります。害虫および病気の防除によって、腐食および貯蔵中のダメージの発生を最小限に抑える事が可能です。

土壌滅菌と作物相性を考慮した転作習慣は病気の問題を最小限に抑える上で重要です。タマネギやニンニクの作物を害虫や病気の影響を受けにくい物にするためには、作物の栄養状態を整える事が不可欠です。タマネギやニンニクの茎や球にダメージを与える線虫類、アザミウマ、タマネギバエやその蛆虫などいくつかの害虫がいます。

また、タマネギは葉の病気や球根の腐食に非常に敏感で、とりわけタマネギの表皮をぬるぬるさせたり、酸っぱくさせたりする細菌系の病気はタマネギの品質を著しく損ねます。

頸部の腐敗、カビ、さび病、腐敗などの真菌性の病気も頻繁に発生します。これらが発生した場合は、殺菌剤による防除が必要となります。

表層腐敗	首腐れ

作物栄養とタマネギの病害虫との関係

植物栄養素が球の品質を阻害しないようにするためには、起生期と栄養成長期の最適な栄養分管理が必要となります。

窒素とカリ

球の乾燥物質とサイズを最大限にするには、窒素とカリが必要となります。窒素が多すぎると球根が軟化し、貯蔵時の腐食の割合が増えます。また、余分な窒素は頸部の厚みにつながり、その結果病害のリスクが高くなります。

カルシウム

カルシウムは、タマネギの球の密度、均質性と貯蔵中の病害の発生を抑える事による貯蔵期間の向上という点で特に重要です。カルシウムは、病気の問題を最小限に抑えて長期保存品質を促進する上で重要な役割を果たします。実験では、球根中に高レベルのカルシウムを有するタマネギは、アスペルギルス・ニガー（Aspergillus niger）に起因する黒さび病の率を低下させ、ボトリチス・アリー（Botrytis allii）などの頸部腐敗も減少させる事が確認されています。